L'île de Philae accueillera ses premiers sanctuaires dès la XXVème dynastie. Taharqa y fera construire un temple dédié à Amon. Nectanebo Ier, cinq dynasties plus tard, fera construire un sanctuaire (l'iseum) au sud-est de l'île. Entièrement dédié à Isis, ce temple a conservé son naos, le tabernacle de pierre qui abritait la statue de la divinité. Son portique est supporté par quatorze colonnes campaniformes dont le dé est orné, sur le quatre faces, du visage de la déesse Hathor en forme de triangle.
La campagne de sauvetage des temples de Nubie organisée par l'uNESCO, prit en charge le démontage des sanctuaires de Philae pour les reconstruire sur l'île voisine d'agilkia. Celle-ci fut préalablement remodelée pour lui donner la forme de l'île d'origine. Les travaux durèrent de 1972 à 1980, et aujourd'hui, ce lieu empreint de magie, peut à nouveau nous émerveiller.